Absolutní kontraindikací kojení je pouze klasická forma galaktosémie (porucha metabolismu monosacharidu galaktózy, obsažené například v mléčném cukru), aktivní tuberkulóza, infekce HTLV I/II (virus způsobující leukémii z T-lymfocytů) a HIV infekce matek ve vyspělých státech.
Všechny ostatní stavy představují jen částečnou překážku a nijak kojení nevylučují, například u klasické fenylketonurie je nutné kojení omezit a podávat speciální výživový preparát bez obsahu aminokyseliny fenylalaninu.
Kojení naopak nikdy nepřerušujeme při horečnatých stavech, virózách a po očkování matky, při zánětech prsů (odborně mastitida), onemocněních zažívacího, vylučovacího či pohlavního ústrojí. Kontraindikací není ani příležitostné kouření či požití malého množství alkoholu (například jedno pivo či 200 ml vína) s dvouhodinovým odstupem od dalších kojení.
Přestat kouřit je však namístě, neboť do mateřského mléka proniká celá řada toxických a kancerogenních látek. Kojení bychom měli na omezenou dobu přerušit a mléko odstříkávat v případě planých neštovic, infekce chřipkou H1N1 a výsevu herpetické vyrážky (oparu) na prsu, přičemž ze zdravého prsu je kojení možné.
sdílet